Sejarah Berdirinya MI NU Glagahagung didirikan sekitar tahun 1969 oleh sesepuh/ Pendahulu dan paratokoh masyarakat,dulu namanya lembaga masih” MI 6 Tahun Jatirejo” karena ada perubahan nama desa yang dulu namanya desa Jatirejo menjadi desa Glagahagung sehingga pada tahun 1990 nama MI 6 Tahun Jatirejo di rubah menjadi MI NU Glagahagung hingga sekarang.
Pada tahun 1969 di awali dengan mengadakan sekolah darurat mulai klas 1 s/d klas III dengan jumlah siswa untuk klas I ada 15 siswa ( bertempat di rumah Bpk H.Munir Ibrahim), untuk klas II t ada 20 siswa (bertempat di rumah Bpk H.Yasin) dan untuk klas III t ada 30 siswa (bertempat di rumah Bpk Kromo Rejo). Semakin hari semakin bertambah banyak siswanya sehingga ruang yang digunakan tidak mencukupi, pada tahun berikutnya yaitu pada tahun 1972 para sesepuh dan tokoh masyarakat bersama warga mendirikan gedung Madrasah yang sangat sederhana, kemudian proses belajar mengajarnya dipindahkan ke gedung tersebut yang tiap ruangnya di jadikan dua ruang kelas , sehingga semuanya menjadi 6 ruang kelas baru yang pada waktu itu nama kepala Madrasah yang pertama adalah Bpk. H.Sardi Wiyono.
Sejak pertama kali didirikan madrasah ini bernama MI 6 TAHUN JATIREJO kemudian pada tahun 1979 ada peraturan dari departemen agama bahwa semua Madrasah yang belum berbadan hukum diharap untuk menjadi Madrasah Ibtidaiyah yang dibawah naungan yayasan yang sudah berbadan hukum. Karena semua pendiri dan lingkungannya orang Nahdlatul Ulama”, maka MI 6 TAHUN JATIREJO bernaung dibawah yayasan NUyaitu Lembaga Pendidikan Ma’arif.
MI 6 TAHUN JATIREJO yang sekarang namanya MI NU Glagahagung juga beradadibawah naungan Departemen Agama dan telah mendapat Piagam terdaftar pada 1 April1991 dan piagam Di Akui pada 3 Juli 1996Serta piagam DISAMAKAN pada tanggal,10Juni 2002. Dan MI NU Glagahagung ,sesuai dengan ketentuan Dinas Pendidikan Kabupaten Banyuwangi dengan Nomor Identitas Sekolah (NIS ) 110050. Dan NPSN 60715975 Demikian sejarah singkat berdirinya MI NU Glagahagung yang dapat kami sampaikan lebih kurangnya mohon maaf yang sebesar-besarnya dan segala puji bagi Allah pemelihara semesta alam.
